Yfirstjórn stofnunarinnar er á hendi forstöðumanns, sem ber ábyrgð á faglegu starfi og fjárhagslegum rekstri hennar, svo og samskiptum við aðrar stofnanir.
Skrifstofa forstöðumanns sér um að halda við skráningu stofnunarinnar um fatlanir til tölfræðilegrar úrvinnslu, svo og ýmsa þætti er varða stofnunina í heild og samræmingu á starfsemi fagsviða.
Félagsmálaráðherra skipar forstöðumann Greiningar- og ráðgjafarstöðvar ríkisins til fimm ára í senn. Forstöðumaður skal hafa háskólapróf og sérþekkingu á sviði fatlana og þroskaraskana. Forstöðumaður fer með stjórn stofnunarinnar, mótar stefnu í störfum hennar og er í fyrirsvari fyrir hana út á við. Hann ber ábyrgð á rekstri stofnunarinnar og að starfsemi hennar sé í samræmi við lög og stjórnvaldsfyrirmæli. Jafnframt annast forstöðumaður ráðningu annarra starfsmanna. Félagsmálaráðherra setur forstöðumanni erindisbréf.
Forstöðumaður er Stefán J. Hreiðarsson, sérfræðingur í fötlunum barna.
